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Reconnaissance des preprints en biologie

9 novembre 2017

Les preprints sont une forme recevable de publications
© CNRS

Les 5 et 11 octobre 2017, les alliances Aviesan et Allenvi ont signé un texte commun sur les préprint en science de la vie et de la santé. Elles reconnaissent ces mises à disposition anticipées comme une forme de communication contribuant au progrès scientifique, notamment dans la recherche fondamentale. Thierry Galli, directeur de l'ITMO Biologie cellulaire, développement, évolution et du Centre de psychiatrie et neurosciences de Paris nous explique l’intérêt de cette forme de publication en ligne.


Qu’est-ce que le « pré-print »?

Un preprint est une publication d'un travail finalisé qui est déposé sur un serveur de prépublication en même temps qu'il est soumis à évaluation par les pairs à un journal «classique». C’est en 1991, que Paul Ginsparg révolutionne le monde de la publication en physique en créant un serveur de prépublication, arXiv.org. Le succès a été foudroyant et arXiv héberge désormais plus de 100 000 nouveaux articles chaque année. Les sciences de vie et de la santé sont gagnées à leur tour par le phénomène, autour notamment de bioRxiv, hébergé par le Cold Spring Harbor Laboratory, et des propositions de l’association ASAPbio (Accelerating Science and Publication in biology).

Quels sont les avantages et qu’est-ce que cela va changer ?

Une prépublication permet de s’affranchir du délai trop long de publication. Entre la soumission d’un manuscrit et la publication, il peut s’écouler un an, voire deux. La prépublication, qui n’est en rien une publication préliminaire, met les informations à disposition de la communauté, au même titre par exemple que la présentation en conférence des résultats d’un article soumis à une revue «classique». La prépublication a bien d’autres avantages expliquant son succès et impact : elle permet de recevoir des commentaires d’une communauté élargie de relecteurs, établit l’antériorité d’une découverte importante, montre un travail abouti d’une équipe aux employeurs et agences de financement, facilite la finalisation des thèses doctorales, place des résultats scientifiques en accès libre au monde entier. Par exemple, un néo-docteur qui cherche un emploi pourra montrer son travail sans avoir à attendre que l’article soit accepté. Dans une demande de financement, l’on peut citer une pré-publication au lieu de mettre des données préliminaires. La prépublication contient tous les détails méthodologiques que les données préliminaires ne permettent pas de dévoiler aux évaluateurs. Enfin, chaque prépublication est dotée d’un numéro de référencement de type DOI.

Comment ça marche, comment s’y prendre ?

Il faut finaliser le projet, écrire l’article exactement comme pour n’importe quel journal avec les mêmes rubriques. Il suffit alors de le déposer dans une archive comme BioRxiv au moment où l’on le soumet à un journal. Evidemment, il faut s’assurer de la compatibilité du journal «classique» avec la prépublication. Une page wikipedia répertorie les journaux toujours plus nombreux qui acceptent les articles prépubliés. Il faut veiller à utiliser la licence CC-BY de préférence.

 

Quelques liens et bibliographies complémentaires :

Sur le mouvement «preprints en biologie» en général

  1. Accelerating Science and Publication in Biology : http://asapbio.org
  2. Dolgin, E. (2016). Big biology projects warm up to preprints. NatureNews. DOI:10.1038/nature.2016.21074 ; voir aussi la politique des NIH « Including Preprints and Interim Research Products in NIH Applications and Reports » : https://grants.nih.gov/grants/guide/notice-files/NOT-OD-17-050.html
  3. McKenzie, L. (2017). Biologists debate how to license preprints. NatureNews. DOI:10.1038/nature.2017.22161
  4. Neylon C., Pattinson D., Bilder G. & Lin J. (2017). On the origin of nonequivalent states: How we can talk about preprints. F1000 Research, 6:608. DOI: 10.12688/f1000research.11408.1
  5. Cobb M. (2017) The prehistory of biology preprints: a forgotten experiment from the 1960s. PeerJ Preprints 5:e3174v1 DOI:10.7287/peerj.preprints.3174v1

 

Quelques serveurs de preprints ou pouvant en héberger

  1. ArXiv: http://www.arxiv.org
  2. BioRxiv: http://www.biorxiv.org
  3. HAL: https://hal.archives-ouvertes.fr
  4. Peer J Preprints: https://peerj.com/preprints-search
  5. Preprints: http://www.preprints.org

 

Quelques exemples de pratiques éditoriales innovantes que peut engendrer le système de preprints

  1. Épisciences: https://www.episciences.org
  2. Faculty of 1000: https://f1000.com
  3. Peer Community In: https://peercommunityin.org
  4. Peer Journal: https://peerj.com
  5. List, B. (2017). Crowd-based peer review can be good and fast. NatureNews. DOI:10.1038/546009a
  6. Singh Chalwa, D. (2017). When a preprint becomes the final paper. NatureNews. DOI:10.1038/nature.2017.21333


 

 

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